地衣的生態與所涉及的物種一樣多樣化，但仍有許多方面尚未完全了解。有些物種能夠佔據廣泛的棲息地，而有些物種則需要非常精確的濕度、遮蔭、基質或營養富集條件。不列顛群島擁有廣泛的氣候條件，孕育了豐富多樣的地衣，從南部和西部的地中海物種到北部高地的北極高山物種。

對於岩生物種來說，它們生長的岩石類型可能很重要，矽質（酸性）和基性岩石類型各自支持不同範圍的物種。這些岩石、水泥或砂漿的徑流可能會影響下方的地衣群落。一系列特殊的地衣出現在海濱，在惡劣且多變的環境中佔據一席之地，只有耐鹽生物才能生存。

在樹木上，樹皮的 pH 值和吸水性可能會影響地衣的定植。樹皮最酸的樹木是落葉松和松樹（pH 值降至3.2），然後依酸度降低順序依序為樺木、橡樹（pH 3.8-5.8）、羅文、榿木、山毛櫸、石灰、白蠟樹（pH 5.2-6.6）、接骨木、美國梧桐和楓樹、蘋果、楊樹、柳樹和榆樹（pH 4.7-7.1）。樹皮 pH 值受污染影響，並且在樹的不同高度可能會有所不同。

有些地衣种类很少分散到其他地方，只能在古老的林地中發現，那裡的生態已經連續了數百年。它們在明顯古老的樹林中的缺失可能表明它們在不久前砍伐並重新種植木材時丟失了。

污染

空氣污染對地衣的影響是深遠的。^{在1920世紀}中後期，最重要的污染物是燃煤工業和發電廠產生的二氧化硫。它經常溶解在水蒸氣中以酸雨的形式落下。結果是，除了繁盛的「污染地衣」Lecanora conizaeoides之外，城市中心和工業區幾乎沒有地衣。英國大部分地區的二氧化硫濃度正在下降，地衣正在重新佔領多年未見的地區。

富营养化的效果現在更加明顯。氨，特別是來自集約化畜牧業的氨，如果溶解在雨水或霧氣中，可以消滅除最具抵抗力的地衣（例如某些Xanthoria和Physcia物種）之外的所有地衣。過去，由於氨被酸雨中和，這種影響被掩蓋了，但現在樹皮變得更加鹼性，氮含量越來越豐富，嗜酸性植物如Hypogymnia physodes、Lecanora conizaeoides和Parmeliopsis ambigua也變得越來越稀少。

農業和廢氣產生的大氣氮氧化物水平升高，導致無法耐受氮氧化物的物種數量減少，例如Evernia prunastri、Parmelia saxatilis、Lepraria incana、Hypogymnia physodes以及Cladonia和Usnea物種。在高氮環境中大量繁殖的硝化菌包括Candelariella reflexa、Physcia tenella和Xanthoria物種。一些地衣，如Melanelixia、Flavoparmelia和一些Parmelia物種似乎不受除了最高水平的氮污染之外的所有影響。

其他空氣污染物，如臭氧和氟，也會對地衣造成損害，但正是氮化合物高水平沉積的影響，才使不列顛群島許多地區的地衣植物群變得最貧瘠。